本会于1980年10月在哈尔滨成立，名称为黑龙江省中西医结合研究会，是全国首家成立的中西医结合学术团体。1990年经省科学技术协会批准，更名为黑龙江省中西医结合学会，挂靠在黑龙江省中医管理局。2024年4月28日完成了本会第六届理事会换届工作。本会在党的中医政策和中西医结合方针指导下，在中国中西医结合学会、省业务主管部门和社团登记管理机构的领导下，历任会长带领理事会全体成员及全体会员团结奋进、 锐意进取，在促进黑龙江中西医结合事业的蓬勃发展中发挥了学会应有的作用，同时在深化改革与创新中不断增强了学会自身的生机与活力，各项工作取得卓著成绩。本会连年被中国中西医结合学会评为优秀省级学会。本会张亭栋名誉会长2011年因在砒霜治疗白血病领域为中国和世界医学发展做出的突出贡献，荣获世界GSK生命科学杰出成就奖(获此殊荣的还有我国知名学者屠呦呦)。张亭栋、李显筑会长还先后担任中国中西医结合学会副会长。在中国中西医结合学会50个专业委员会中，黑龙江省专家在5个专业委员会中担任主任委员。
